海上贸易是海洋生涯的重点。在倭寇盛行时期，有大量的船舶被卷入海寇活动。嘉靖四十二年（1563），戚继光率领的明军南下泉州、漳州一带，以月港为根据地的福建商船纷纷驶入大海，观望形势。明朝官府顺势派遣官员进入月港，与当地民众搞好关系。于是，在海外避难的商船纷纷返回月港，明朝对月港的统治得以恢复。隆庆元年（1567），官府在月港设立海澄县，并且允许月港的海船到海外贸易，这就是“隆庆通海”的由来。

    “隆庆通海”之后，许多研究者认为明朝进入了允许海外贸易的新阶段，其实不然。明朝当时对月港通商有很多限制。首先，由月港出海的船只不得到日本去，这是因为，倭寇多是从日本来的。月港的官员发现漳州去日本的商船一定要在南风季节出海，他们就限制春天船舶出海数量，让商船无法北上日本。其次，只允许中国的船只到外海贸易，不让外国船只到月港贸易，目的是不让外国人知道底细，也就无法对福建发动侵略。所以说，月港通商不是废止海禁，而是将海禁之令具体化，禁止与日本通商仍然是主要内容，严防外国人入境仍然是海禁条例。隆庆通海，只是让月港商人可以到海外贸易，绝对不是让外国人入境贸易。所以说，明代从来没有废除过海禁，只是对海禁的具体内容作一些调整。

    人们对隆庆通海的另一个疑问是：明朝有在广东实行这一条例吗？其实，月港通商达到了化寇为民的转变，万历初年主政的张居正有意将这一条例在广东推广，为此将福建巡抚刘尧诲调到两广督抚任上。然而，刘尧诲到广东后，却遇到了新的问题。这是因为，万历初年，广东潮州一带海寇活动十分频繁，大股海寇如林道乾、林凤等人，都曾拥有近百条船只。在这种情况下，倘若贸然开海，不知事情会怎样。另外，广东的澳门已经发展为一个有名的港口，葡萄牙人占据澳门，每年都会给广州带来各种货物，尤其是带来产自日本的白银。其时，因倭寇的入侵，浙江与福建两省都严禁对日本通商。在这一时期，只有葡萄牙人可以往来于日本与中国做生意。他们会到广州采购大量的丝绸、瓷器、白糖等商品，然后将其运到日本的平户和长崎出售，换来白银运入中国，这对广东来说是极大的利好。正因为这个原因，中国外贸的中心从福建月港转到广东的广州，广州城因而扩大数倍。在这一背景下变动广东的对外贸易政策，其实不利于官府集中管理。因此，主持月港通商的刘尧诲在广东做官后，并没有将月港的通商政策移植于广东，而是坚持澳门独口开放的政策。于是，明朝的对外贸易形成福建与广东的对照：福建漳州的月港只允许当地民众出海贸易，但不得去日本，且月港不接纳外国人；广东的广州与澳门欢迎外来商人，但不允许本地百姓到海外贸易。简单地说，月港是许出不许进，澳门是许进不许出。这两大港政策的不同，导致闽粤两省对外贸易形式的不同。福建月港的商人可以乘船下海，因而在东南亚形成了福建华侨集团。广东民众不得从澳门出海，只有潮汕人在粤东私自下海，他们在海外的势力一度不如闽商。

    尽管明朝对闽粤两省的对外贸易政策有所调整，有些限制还显得莫名其妙，例如，广东澳门港许进不许出，究竟有什么益处？好在古代贸易量不大，有两个口岸足供中国货物的对外贸易，限制口岸，反而有利于中国商人垄断居奇。此外要注意的是明代海外政策给闽粤两省带来的专有利益。因明朝在其他省份仍然执行海禁，这就给了闽粤二省外贸上的独特地位。福建月港的收获是：漳泉商船可以下海到菲律宾的马尼拉贸易。西班牙人于1571年占领菲律宾的马尼拉，为了吸引华人到马尼拉贸易，西班牙人消灭了一伙抢劫华人船只的海盗，并将被掳华人送回福建，这一示好政策让福建省一下轰动起来。从此，福建商船大举到马尼拉贸易，使马尼拉繁荣起来。从1571年到明代末年，每年都有十几条到几十条商船到马尼拉贸易。虽然东南亚诸港都向福建商人开放，但只有马尼拉给闽商带来的利润最高。这条贸易线给月港、厦门带来的白银也是很多的，虽然比不上广州，但因明末贸易规模较大，月港和厦门都有较大的发展。福建对外贸易的中心渐渐从月港转移到更为接近外海的厦门，厦门也从一个明代设置中左所的地方逐渐发展为一个中小城市。明代后期，环球贸易市场形成，西班牙人从美洲带来大量的白银，从中国购得丝绸、瓷器等奢侈消费品。西班牙人还向欧洲输出白银，运回手工业制品。葡萄牙人则在欧洲购得白银，并向欧洲输出中国奢侈品。这样，就形成了环球贸易，这对中国的影响是巨大的。

    晚明另外一个重要变化是对日本贸易的重新启动。月港通商之初，明朝的禁令十分有效，由月港出发的商船无法到日本贸易。不过，这种做法对中国并无好处，这是因为，日本出产的白银比美洲还多。因中国商船无法到日本贸易，澳门的葡萄牙人趁机垄断了对日本贸易，其时葡萄牙人在广州购货，然后到日本出售，再从日本带回白银。这一贸易以中国商品为主角，但获利最多的却是中间商葡萄牙人。于是，有一些月港商人试图到日本贸易。他们以到东番（台湾南部）贸易的借口，将船驶到台南，然后从那里向东北航行，一直到日本的港口。万历二十年（1592），日本发动侵略朝鲜的战争，明朝出兵援朝，双方打了七八年，最后以日本撤军告终。在中日战争期间，明朝对日本的贸易制裁非常严厉，月港几乎没有船只到日本贸易。然而，迄至朝鲜战争结束后，中国与日本的关系缓和，万历三十五年（1607），有一只来自泉州的商船随大风漂到了日本，日本大名如获至宝，给商人很高的待遇。此后，偷偷去日本贸易的商船越来越多。从万历后期到明末，每年都有四十多只船到日本贸易，最多的时候有七十多只船，明朝虽有对日本贸易的禁令，但是，这些禁令都被管事人忘记了。于是，中国与日本的直接贸易恢复。由于日本人欢迎中国的一切商品，其贸易量巨大，贸易规模超过月港的对菲律宾贸易。

    关于明末中国对日本贸易的历史地位，往往被人低估了。这是因为，明末形成的环球贸易——由马尼拉对美洲的贸易，由葡萄牙从澳门出发到印度和欧洲的贸易，以及美洲与欧洲之间的贸易——十分引人注意，然而，不论是西班牙由马尼拉发往美洲的商船，还是葡萄牙由澳门回归葡萄牙的商船，每年都只有一两艘可以到达本国港口，它的贸易量一般。然而，由中国到达日本的船只，往往在四十艘以上。这就是说，在明末的国际贸易线上，中国与日本的贸易才是大头，不论是中国的商船还是西班牙、葡萄牙、荷兰、英国的商船，都在力争介入中日贸易，而中日贸易中的关键又是中国商品。只要得到中国商品，就可以在日本的港口换得大量白银。至于日本方面，在西班牙人、葡萄牙人支持日本天主教叛乱之前，日本港口对所有外国商船开放。然而，自从日本天主教徒暴动失败后，日本就有意培养中国商人到日本的贸易线路，在中国商人赴日本贸易达到一定规模之后，日本江户幕府于崇祯七年（1634）前后实行“闭关锁国”政策，逐步断绝了两个天主教国家（葡萄牙、西班牙）对日本的贸易。所以，明清之际，在日本贸易的主要是中国商人和荷兰商人。在这一时期，漳泉商人在日本的地位极为重要。

    不论是在美洲贸易还是在欧洲贸易中，中国商品都是最受欢迎的，而且输出量还不少，这就对中国的经济结构产生巨大的冲击。